南少林寺遺址位于莆田荔城區西天尾鎮九蓮山林山村，距市區約17公里。九蓮山中有座林泉院，始建于南朝陳永定元年（557年），至北宋嘉佑年間（1056-1063），此寺已形成很盛的武風，成為我國東南沿海武術活動的中心。相傳河南嵩山少林寺13武僧幫助唐太宗統一中國后，唐太宗賜于“僧兵”，并準許在全國各地建立十座分寺。據考，荔城區九蓮山的林泉院，就是少林寺十座分寺中較早創建的分寺之一。因為規模宏大（占地約三萬平方米），武風鼎盛，影響南中國，故稱之為南少林寺。據考，該寺于清初被清兵焚毀。
1986年至1988年，原莆田縣在文物普查中，發現了這座湮滅了幾百年的寺院遺址，經過認真發掘，發現了5個刻有“僧兵”、“諸羅漢浴煎茶散”等文字的北宋石槽。史載，只有少林寺才能冠之以“僧兵”二字。據此，經國家文物局批準，1990年12月，福建省考古隊對九蓮山寺院遺址進行考古發掘，出土了“真覺大師 革隹 堤之塔、林泉院、天佑”唐代石刻和“長興四年歲次癸巳正月”等字樣的南唐陶質鴟尾等珍貴的歷史文物。
1992年4月25日，南少林遺址論證會暨重建莆田九蓮山南少林寺新聞發布會在北京人民大會堂舉行。1998年12月8日，九蓮山南少林寺重建工程竣工，開始向海內外開放。為了更好發展莆田南少林，2007年莆田南少林寺恢復宗教活動。
1986年，莆田市在西天尾鎮北部層巒疊嶂中的九蓮山麓發現一處古建筑遺址，以及五口建造于北宋年間的大型花崗巖石槽殘碑、石柱等，學者們從石槽長226厘米、寬100厘米，槽旁刻有“諸羅漢浴煎茶散”字樣，判斷這是僧兵治療傷病用的石槽，又從殘碑、石柱上的“林泉院”、“寺山界”字樣，最引人注目的是那口重達數千斤的宋代石槽，槽上刻有“當院僧兵永其佳其合共造石槽一口”，推測此遺址可能是南少林寺遺址。九蓮山南少林寺海拔500多米，地形酷似河南的山間盆地，居九華山脈中段，地勢十分險要，是理想的兵家用武之地。山間盆地小平原，耕植可以自給，大本營離各個隘口不過數里之遙；且坡度平緩，如有軍情，到隘口憑險據守不過片刻功夫。從地理形勢上看，林山實在是個易守難攻的藏龍臥虎之地。寺區周圍有朱山、樟江、寨頭等10多個山寨。目前各寨遺址均存。山頭尾和梧桐山還有高三、四十米頗為壯觀的山澗瀑布。少林寺遺址正處在九蓮山盆地的中心，寺院的基地有兩三萬多平方米，十方叢林的氣度可想而知。清初，南少林寺因在反清復明斗爭中與天地會有著千絲萬縷的聯系，清王朝深為忌恨，遣兵焚毀，莆田南少林寺從此湮沒于歷史煙塵之中。其實,林泉院于元未就已經被焚燒畢盡了.據黃仲昭(1345~1506)《八閩通志》記載：興化府 莆田縣....資福院 北平院 林泉院 龍藏院 靈鷲院 中峰院宋天圣二年重建......通上幾九十院俱廢。所以，根本不存在清朝被焚之說。其次，院，本身就是較小的寺廟。元前，莆田的院，基本隸屬于家族祠堂。明朝洪武年間，莆田的院，紛紛升級為寺，脫離家族管理，有據可查。所以，林泉院為少林的說法，是大錯特錯。
1992年4月25日，莆田市在北京人民大會堂舉行新聞發布會，正式向外界宣布發現南少林寺遺址，中國佛教會理事、嵩山少林寺第29代方丈德禪大師出席新聞發布會，他根據先輩叮囑，暫定了林泉院即南少林寺，并贈送了“南少林就在福建莆田九蓮山下”的親筆題詞?，F在，莆田南少林寺已初具規模，大雄寶殿、天王殿、鐘鼓樓、山門以及趙撲初題額的“南少林”牌坊等，巍峨壯觀，金碧輝煌。周圍的古竹寺、霞梧院、九蓮巖等大小寺院環繞著南少林寺，形成氣勢昂揚的寺院群落，重現了當年十方叢林的恢宏氣度。
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